Тут явно дело не в автоматике. Делов самом процессе ректификации (дистилляции)
Возможные причины:
1. Завышенный отбор голов. На момент периодического сброса голов идет разбалансировка колоны (как вариант сделать больше периодов сброса, с меньшим количеством сбрасываемого продукта)
2. Повысить время на стабилизацию перед началом отбора тела.
3. Быть может захлеб, но этот вариант скорее всего отпадает, так как скорее всего мощность ты не меняешь во время отбора голов и тела.