Какая-то странная идея. Тут есть только три варианта.
Примириться с потерей спирта (а она может быть велика и неконтролируема).
Поставить мощный (фреоновый) доохладитель паров спирта. При этом ты потеряешь все то, что сэкономил на охлаждении дефлегматора, а, возможно, намного больше. Не исключено, что значительную долю конденсата с выхода дефлегматора ты будешь повторно испарять и снова конденсировать в доохладителе с соответствующими дополнительными затратами.
Ты будешь потреблять конденсат, прошедший через вакуумный насос со всеми загрязнениями, которые в нем окажутся. В случае масляного насоса это будет масло, в мембранном - неизвестно что. Я не видел мембранных насосов специфицированных на работу с парами спирта, там могут быть спирторастворимые детали.
Вакуумный насос вовсе не обязательно останавливать, он может работать непрерывно. Достаточно поставить простейший клапан, перекрывающий откачку системы при снижении давления ниже минимального. Вакуумный насос при этом будет работать на себя, он на это рассчитан.